巴彦淖尔市医院肛肠科成立于2003年。科室技术力量雄厚，拥有主任医师一名，副主任医师一名，主治医师一名，住院医师一名，其中研究生两名。肛肠科成立以来，多次派人员到全国著名肛肠专科医院学习，如北京二龙路医院、天津人民医院。

科室开展了弹力线套扎小切口切除治疗各类混合痔、内痔，PPH治疗混合痔的微创手术。开展肛瘘切除，肛瘘切开挂线治疗各种肛瘘、高位复杂性肛瘘、肛周脓肿。同时开展汗腺炎、尖锐湿疣、肛门狭窄、肛乳头瘤、直肠粘膜内脱垂、直肠腺瘤、直肠息肉、肛窦炎、脱肛手术治疗。便秘方面，肛肠科开展了直肠前突修补术、耻骨直肠肌离断术，治疗排便困难。年手术例数600余例，术后复发率低。聘请外院教授进行疑难复杂肛肠疾病会诊。同时治疗各类结肠炎、腹泻、便秘、肛门瘙痒等。其中直肠前突修补术治疗出口梗阻性便秘，和直肠粘膜结扎加肛门环缩术治疗脱肛获得我院三新技术项目。

肛肠科引进二氧化碳激光治疗仪使手术出血明显减少，术野清晰，提高了手术效果，缩短手术时间。引进了盆底生物反馈治疗仪，在便秘治疗上多了便秘治疗手段，不用药物或少用药物治疗便秘，减少了药物依赖性。拥有肛肠检查治疗仪、镇痛泵和理疗仪，用于肛门直肠疾病检查治疗及止痛和理疗。