为进一步深化医改，增强学科间交流与合作，促进优质医疗资源共享，巴彦淖尔市医院积极探索建立更为精准、紧密、高效的专科联盟模式，提升学科影响力和服务能力，缓解医疗资源分布不均的问题。

2017年以来，巴彦淖尔市医院加大“互联网+医疗”建设步伐，通过信息化建设先行，实现“上联下通”，解决当地患者就医难题。“上联”，医院先后与全国健康平台乌镇互联网医院、全国远程肿瘤医疗联合体中日医院中西医肿瘤专科医联体建立远程协作；康复科、呼吸科、肿瘤中心、疼痛科、皮肤科、妇科、消化内科先后与郑州附属医院、中日友好医院、协和医院、西京消化病医院建立专科联盟。“下通”，与临河区人民医院、五原县人民医院、杭锦后旗人民医院、磴口县人民医院、乌拉特后旗人民医院、巴彦淖尔市传染病院、巴彦淖尔市民政局精神病康复福利院、临河区新华社区、临河区汇丰社区等医疗机构组成医疗集团；上下联动、资源共享服务机制的建立，使成员单位之间通过人才培养、技术支持、远程会诊、双向转诊、预约诊疗科研协作等不同方式进行专业对接，交流合作，逐步实现集团内医疗资源共享，优势互补，搭建起国际国内知名医院专家——本地三甲医院专家——基层医院患者点对点服务的模式。成员单位之间还可以进行病历资料、主要影像片的互传等。对于需要转诊的疑难病例，专科联盟内成员单位可以通过绿色通道直接将患者转至联盟医院，也可以通过远程会诊平台在当地医院就可以做诊断、治疗，给基层百姓看病带来更多的方便和实惠。