巴彦淖尔市医院胃肠外科是内蒙古西部地区唯一的以手术治疗胃肠道疾病为主的专业科室。胃肠外科拥有主任医师2名，副主任医师1名，主治医师4名，住院医师3名。常见病有：阑尾炎、腹壁疝、膈疝、食管裂孔疝、盆底疝、腹股沟嵌顿疝、肠套叠、肠梗阻、胃十二指肠溃疡穿孔、胃肠道创伤、胃癌、结肠癌、直肠癌、腹腔内和腹膜后肿瘤、克罗恩氏病、肥胖症、贲门失弛缓症、长期进食困难营养不良、顽固性便秘、直肠脱垂、痔、肛瘘、肛裂等。

科室特色技术：

胃肠外科以精细化手术、微创化手术技术为核心，形成了在自治区独具特色的高精尖手术技术群，其显著的特点是：先进、微创、效果好、康复快。

胃肠外科常规开展的高精尖技术有：

电子胃镜、电子肠镜检查及内镜手术治疗，消化道早癌及粘膜下肿瘤内镜下剥离术(ESD)、贲门失弛缓症内镜下治疗术（IPOEM）、经自然管腔内镜手术（NOTES）等，内镜手术技术自治区领先。

腹腔镜胃十二指肠溃疡穿孔修补并高选择迷走神经切断术：比单纯穿孔修补可充分降低慢性幽门管溃疡、十二指肠溃疡复发的机会。手术技术自治区领先。

腹腔镜治疗贲门失弛缓症技术：手术技术自治区领先。

腹腔镜切口疝修补术：是自治区唯一成熟开展该项技术的专业科室。

直肠肿瘤TEM手术：是自治区唯一成熟开展该项技术的专业科室，尤其适用于直肠类癌、直肠巨大良性肿瘤、直肠原位癌的微创手术治疗，既能切除彻底又能很好的保护肛门功能。

直肠肿瘤Kraske手术：是国内少数开展该项技术的专业科室，适用于直肠巨大肿瘤的切除，切除彻底，能很好的保护肛门功能。

腹腔镜胃癌根治术：手术技术步入国内先进水平行列。

腹腔镜结肠癌根治术：手术技术步入国内先进水平行列。

直肠癌根治术根治术：手术技术步入国内先进水平行列。

快速康复外科：也称为快通道外科、加速康复外科。纯熟的腹腔镜微创手术技术，使得胃肠外科在自治区率先开展了以胃癌和结、直肠癌手术，围术期不下胃管、术前肠道仅准备数小时、术后第一天开始进饮食为特色的“快速康复外科”项目，改善了围术期患者的舒适度，加速了术后康复的速度，缩短了平均住院日。

科室设备：

科室床位设置35张；医院为科室配置价值300万元的奥林巴斯超高清腹腔镜1台，价值260万元 奥林巴斯胃肠镜1台。并配套价值63万元的腹腔镜手术精密器械5套、168件；价值76万元的专业供经肛门做直肠手术的德国高端狼牌内镜微创手术系统（TEM）1台，内蒙古自治区西部区唯一的1台；价值53万元的美国强生手术超声刀1台；价值9.9万元的美国自动排痰机1台；价值9.6万元的青岛海尔-86℃超低温冰箱1台；价值9.5万元的德国飞利浦除颤起博监护仪一台；价值9.3万元的德国Drager无创呼吸机1台；价值7.6万元/台的荷兰纽迪希亚肠内营养泵6台；价值7万元/台的德国飞利浦全自动心电监测仪11台；价值5.4万元的美国空气波压力治疗仪1台； 价值1.7万元/台的日本TOP输液（注射）泵7台；德国百瑞压缩雾化泵4台及超短波治疗仪一台等高端仪器设备。