巴彦淖尔市医院胃肠外科是内蒙古地区少数以手术治疗胃肠道疾病为主的专业科室，成立于2013年9月12日，起源于市医院原肿瘤外科。

从技术层面来看，从2004年起步入快速发展阶段，常规复杂手术技术在自治区一直处于领先水平，并步入国内先进水平行列：

l 2004~2008：在自治区率先将常规复杂手术从“粗放式”步入“精细化”时代，为微创技术的开展打下了技术基础。

l 2008~2018：在国内较早，在自治区率先步入复杂手术微创技术时代的腹腔镜辅助技术阶段。

l 2016~今：在国内率先将胃肠镜技术引入外科，使得早癌的诊疗水平迅速与国内、国际先进水平接轨。

l 2018~今：在国内较早，在自治区率先步入复杂手术微创时代的全腹腔镜技术阶段。